Directamente relacionado con los objetivos de la encuesta y los seminarios organizados por Fundación Amparo y Justicia, en conjunto con el Ministerio Público y la Pontificia Universidad Católica de Chile, la Mesa de Trabajo que se originó en octubre de 2008 busca incluir a representantes de las principales organizaciones del país ligadas a la investigación y prosecución de casos de abuso sexual infantil, con el fin de discutir los problemas cruciales que enfrenta el sistema actual y que redundan en una mayor victimización de los menores.

Su misión es concluir con propuestas que mejoren los procedimientos y en definitiva, beneficien a los niños abusados sexualmente durante su paso por el sistema judicial.

Los integrantes de la Mesa de Trabajo son: Ministerio Público, Ministerio de Justicia, representantes del Poder Judicial, Defensoría Penal Pública, Servicio Nacional de Menores, Carabineros de Chile, Policía de Investigaciones, Servicio Médico Legal, Ministerio de Salud, destacados académicos chilenos, Fundación Amparo y Justicia.